Uma instalação de WordPress é basicamente os arquivos do WordPress (wp-config, core, plugins, temas, uploads, etc.) e um banco de dados (tabelas prefixadas). Qualquer instalação precisa de um endereço de URL para ser acessada, que é uma instalação simples de WordPress.
Porém seria possível habilitar o multi-site nesta instalação (veja como habilitar o multi-site na documentação oficial ¹), basta ativar no wp-config, assim uma única instalação de WordPress pode ativar em uma URL vários subsites.
Em algumas situações podemos ter duas instalações de WordPress Multi-Site em duas URL diferentes, funcionando de forma independente. Cada instalação com seus arquivos e seu banco de dados.
Uma alternativa seria usar a mesma instalação de WordPress, mas com banco de dados diferentes, pois o serviço que mais consome recursos do servidor é o banco de dados, em bancos diferentes (até mesmo em servidores diferentes) temos mais segurança no caso de uma queda do serviço não derrubar a rede toda.
Em uma configuração mais avançada podemos fazer estas duas instalações diferentes usarem os mesmo arquivos e o mesmo banco de dados (com prefixos diferentes para as tabelas), cada uma com sua URL diferente.
Mas também é possível ter várias instalações de WordPress Multi-site na mesma URL, funcionando basicamente como o exemplo acima, mas só que múltiplos subdomínios ou subpastas também podem ser diferentes WordPress multi-site, mas compartilhando a mesma instalação e o mesmo banco de dados.
Assim temos vantagens e desvantagens em cada um dos modelos.
